Wodór postrzegany jest jako substancja bardzo niebezpieczna. Ciekawym jest fakt, że nie znajduje to potwierdzenia w praktyce. Malo tego, wodór jest bezpieczniejszy od benzyny. Czemu? Otóż wodór ulatnia się bardzo łatwo, rozprasza się i nie gromadzi w miejscu. Poza tym, wodór spala się poza zbiornikiem a benzyna możne eksplodować już w zbiorniku.
Niestety na dzień dzisiejszy, wydajność pozyskiwania wodoru w procesie tzw. reformingu jest jeszcze niezadowalająca. Należy bowiem zużyć więcej energii na pozyskanie paliwa do ogniw niż można potem uzyskać. Sam proces pozyskiwania wodoru również nie należy do niebezpiecznych. Jednym ze sposobów jest produkcja biologiczna. Wodór jest efektem metabolizmu żywych organizmów.
Reakcje zachodzące w żywych organizmach w wyniku których produkowany jest wodór, zachodzą dzięki katalizatorom, którymi są tzw. hydrogenazy - enzymy zawierające w swoich cząsteczkach żelazo lub nikiel. Naturalnie ilość tak pozyskanego wodoru jest niewielka jednak trwają prace nad wykorzystaniem źródeł energii naturalnej do wytwarzania wodoru na skalę przemysłową.
Również z przechowywaniem wodoru nie ma problemu. Wodór przechowywać można w postaci ciekłej, sprężonego gazu lub wodorków metali. Jedyną problematyczną barierą dla przechowywania wodoru w postaci ciekłej jest wymagana temperatura 20K ( -273 stopni Celsjusza ). Najpowszechniejszym i najczęściej stosowanym sposobem przechowywania wodoru jest przechowywanie go w zbiornikach pod ciśnieniem nawet 1000 barów.