Ogniwa paliwowe mają niemal obojętny wpływ na środowisko. Inaczej wygląda sprawa z paliwem zasilającym ogniwo. Jak już wiadomo, paliwem jest wodór jednak ów wodór należy najpierw pozyskać. Czyni się to najczęściej przy zastosowaniu procesu elektrolizy. Inną metodą uzyskiwania wodoru jest wytwarzanie go z metanu w procesie reformingu parowego.
Co prawda efektem ubocznym tego procesu jest dwutlenek węgla jednak należy zaznaczyć, iż jego szkodliwość dla atmosfery jest znikoma gdyż jest on wydzielany tylko w miejscu pozyskiwania wodoru. Dodatkowo można go wykorzystać.
Wpływ stosowania kopalnianych źródeł energii (węgiel, ropa naftowa, gaz ziemny itp.) na zanieczyszczenie środowiska stawia ogniwa paliwowe w doskonałej pozycji jako alternatywne źródło zasilania, obojętne lub prawie obojętne dla środowiska naturalnego.
Ma to niezwykłe znaczenie w dzisiejszych czasach, gdy zanieczyszczenie środowiska rośnie w zastraszającym tempie. Zanieczyszczenia wynikające z produkcji energii „konwencjonalnymi” metodami są powodem degradacji środowiska naturalnego, oraz przyczyniają się do pojawiania nowych chorób cywilizacyjnych.
Ogniwo paliwowe produkuje 25 razy mniej zanieczyszczeń w porównaniu z generatorami spalinowymi. W przypadku zasilania ogniwa paliwowego wodorem, ilość produkowanych zanieczyszczeń jest śladowa. Dlatego też niezwykle ważne są prace nad udoskonalaniem ogniw paliwowych jako źródła czystej energii.